Temporada 1

Em 2035, um incidente conhecido como A Explosão ocorre em um centro de pesquisa japonês, dando origem à Matéria, que se expande, consome e se autorreplica rapidamente. Serpenteando pelos restos de represas e instalações militares no Desfiladeiro de Kurobe, a hostil Matéria é cercada por forças-tarefa que tentam impedi-la de chegar ao oceano e por mercenários que buscam a verdade por trás de sua existência.

Aiko Tachibana vive sob constante vigilância médica após ser resgatada da Matéria. Ela passa os dias esperando sua recuperação fazendo aviões de papel. Logo, sua vida diária na escola é perturbada pela chegada do aluno transferido Yuuya Kanzaki, que passa a apontar uma série de inconsistências em relação ao seu corpo. Por que ela nunca se machuca e por que, de repente, não precisa mais da cadeira de rodas? Ele afirma que há mais em sua existência do que ela foi levada a acreditar e que somente ela possui a chave para acabar com a Explosão. Com muitas facções agora interessadas em Aiko, ela e Yuuya precisam reunir aliados e embarcar em uma perigosa peregrinação ao coração do desfiladeiro infestado antes que a rede os cerque. Para escapar da conspiração que os ameaça, a dupla precisa enfrentar a Matéria — um inimigo que flui como água.